依据法律不同
软件著作权保护是依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》来实行的；
专利保护是依据《专利法》来实行的。
保护原则不同
软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。
专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则。
保护客体不同
软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。这样就有可能出现竞争对手将你的软件进行研究，然后改变编程语言，达到的结果是一样的，但由于代码不相同，所以不侵犯著作权。
专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思（注意一定要以技术方案的形式表现，或者**能够结合硬件来表现），包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。
申请通过率不同
软件著作权实行的是登记制，只要形式审查时提交的材料完全符合要求，不违反《著作权法》的规定即可获权，登记通过率极高；
专利申请要求技术性高，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求，申请难度较高。尤其是发明专利还需进行实质审查，总体来说通过率不是很高。
申请提供资料不同
软件著作权需提供：申请人身份证明文件、申请表、源代码及说明手册；
专利需提供：申请人身份证明文件、委托说明书、技术交底书（外观专利则提供图片或照片）。
申请周期不同
软件著作权申请周期短，可做加急，最快能1天下证；
专利申请周期长，尤其是发明专利，往往需要1-2年才能授权下证。
保护期限不同
自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日；软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日；法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，即不再保护；
实用新型和外观设计保护期限从申请日起算10 年，发明专利则是20年。
申请和维护费用不同
软件著作权只有前期申请费用，没有后续的维护费用；
专利除了要交前期的申请费用之外，每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。