不具备“两店一年”的条件所签订的特许经营合同是否有效？
根据《条例》的相关规定，“两店一年”是为了防止企业利用特许经营进行欺诈活动，帮助被特许人在签订特许经营合同前能够直观地考察特许人的经营资源、经营状况、是否具备成熟的经营模式的一个重要因素。因此，该规定属于管理性的强制性法律规范，不具备“两店一年”的条件不必然导致特许经营合同无效。但商务主管部门可依据《条例》处以10万元以上50万元以下的罚款并予公告。
未备案的特许人所签订的特许经营合同是否有效？
特许经营备案的目的在于防范欺诈活动、便于监督管理，因此该条款属于管理性强制规范，未经备案并不影响特许经营合同的效力。但商务主管部门可依《条例》处以1万元以上5万元以下的罚款并责令其备案。
在签订特许经营合同前，特许人是否有权收取费用？该费用的性质如何界定？
根据《条例》第十六条规定，只要双方自愿，特许人可以在签订特许经营合同之前向被特许人收取一定的费用。但该费用不属于特许经营费；且特许人应当以书面形式向被特许人说明该费用的用途及退还的条件、方式。
特许人应如何履行持续经营指导、业务培训等法定义务？
根据《条例》第十四条的规定，特许人为被特许人持续提供经营指导、技术支持、业务培训等服务包括：
（一）向被特许人提供特许经营手册，经营手册的内容包括：特许人企业组织结构、特许人总部建设、特许加盟流程的有关规定、特许加盟店的货品介绍、行政管理、售后服务、服务管理、市场推广、人事管理、培训管理、设备管理、卫生消防安全管理、财务管理等内容。
（二）向被特许人履行经营指导义务，通过现场指导、提供咨询和建议、提供信息、反馈被特许人意见等方式，对被特许人店面运营、人力资源、广告宣传、信息系统等方面提供支持。
（三）对被特许人进行培训，包括企业文化、店面管理、财务管理、业务管理、进货管理、员工管理等方面。
特许人不履行持续指导义务可能产生什么样的法律后果？
根据《条例》关于信息披露义务的规定以及相应的处罚原则，特许人违反经营指导义务，可能导致特许经营合同被解除或者遭受行政机关的相应处罚。
如主特许人终止与分特许人的特许经营关系，分特许人与分被特许人之间尚在履行中的合同应如何处理？
分特许人与分被特许人的合同应相应终止。如果涉及损失，则需要考虑特许人与被特许人合同终止的原因，如果是特许人的过错，分被特许人可以通过分特许人向特许人主张，如果是分特许人的过错，分被特许人可以直接向分特许人主张，都没有过错的，各自承担损失。